Jandarma Asayiş Bot Komutanlıkları; iç sularda, ada/adacıklar ile karadan ulaşılamayan koy ve kıyılarda emniyet ve asayiş hizmetlerini yürütmek, karadan denize veya aksine intikal eden suç ve suçları takip etmek, sit alanlarının kontrolünü sağlamak, orman yangınlarını ihbar etmek, usulsüz su ürünleri avcılığını önlemek, kültür ve tabiat varlıklarını korumak, kaçakçılığın men, takip ve tahkikini yapmak maksadıyla kurulmuştur.         
Jandarma Asayiş Bot Komutanlıklarının Görevleri:
Göller, barajlar ve su üstü ulaşımına imkan veren akarsularda;
•    2803 Sayılı “Jandarma Teşkilat Görev ve Yetkileri Kanunu ve Yönetmeliği”nin genel olarak Jandarma’ya verdiği tüm görev ve yetkilere sahiptir. Bu kapsamda; iç güvenlik birliklerine göller, barajlar ve su üstü ulaşımına imkan veren akarsularda genel emniyet ve asayiş hizmetlerinin ifasında destek sağlamak,
•    Meydana gelen olaylarda delillerin ortadan kalkmasını önlemek maksadıyla; anında müdahale ederek suça el koymak, suçluları yakalamak, yakalanan suçluları, elde edilen delilleri ve tutulan tutanakları gerekli adli işlemler yapılmak üzere bulunduğu mülki sınırlardan sorumlu Jandarma İç Güvenlik birimine teslim etmek,         
•    Göl üzerinde bulunan ada, adacıklar ile kıyılarda önleyici kolluk hizmeti yapmak,
•    1380 sayılı Su Ürünleri Kanunu’na göre usulsüz ve kaçak su ürünleri avcılığını önlemek,
•    2863 sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu’na muhalefet edenleri engellemek, suçluları yakalamak,
•    Çevrenin ve ekolojik dengenin korunması ve çevre kirliliğinin önlenmesi maksadıyla sorumluluk bölgesinde gerekli kontrolleri yapmak, meydana gelebilecek kirlilikleri tespit etmek,
•    Her türlü motorlu, motorsuz deniz aracını makul şüphe halinde denetlemek ve kontrol etmek,
•    Seyir güvenliği, demirleme, bağlama, avlanma, dalgıçlık ve bayrak çekme ile ilgili hükümleri uygulatmak, deniz ve hava araçlarından yapılacak her türlü kirletme eylemlerini önlemek, suçluları yakalamak,
•    İzinsiz dalma ve ruhsatsız su altı araştırmalarına mani olmak,
•    Su üstü araçlarından yapılacak yardım çağrılarına müdahale etmek, gerektiğinde botun teknik imkanlarının el verdiği ölçüde arama ve kurtarma görevlerini yürütmek,
•    Orman yangınlarını erken ikaz etmek, gerekli emniyet tedbirlerini alarak imkanlar nispetinde müdahale etmektir.

Ada ve adacıklar ile karadan ulaşılamayan koy ve kıyılarda;
•    Önleyici kolluk hizmetleri ve adli görevleri yürütmek,
•    Karadan başlayarak aniden gelişen, sularda da devam eden ve süratle müdahale edilmesi gereken olaylarda delillerin ortadan kalkmasını önlemek maksadıyla; anında müdahale ederek suça el koymak, suçluları yakalamak, ilgili iç güvenlik birimine bilgi vererek acele tedbirleri almak,
•    Sularda genel güvenlik ve asayişi ihlal eden bir suçla karşılaşıldığında; gecikmesinde sakınca bulunan hallerde ve delillerin ortadan kaldırılmasını önlemek maksadıyla suça el koymak, suçluları yakalayarak ilgili iç güvenlik birimine haber vermek,
•    Orman yangınlarını erken ikaz ve ihbar etmektir.